APAID’s bestuur overziet en beslist over alle activiteiten van de organisatie met indien nodig advies van de Raad van Advies. De organisatie bestaat uit 4 afdelingen:
- De afdeling Projecten staat aan het hoofd van alle projecten terwijl de Regio manager de projecten ter plaatsen overziet.
- De afdeling Onderzoek leidt alle onderzoeken in samenwerking met de universiteiten.
- De afdeling Inkomsten generatie is verantwoordelijk voor de inkomsten genererende activiteiten.
- De afdeling Financiën draagt zorg voor de financiële betrouwbaarheid en transparantie van de organisatie.
